Phylogenetic summary of protein families

This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:

Statistics about the gene tree nodes

Species# Nodes# speciation nodes# duplication nodes# dubious nodesNode typesAverage duplication confidence scoreAverage duplication confidence score (non-dubious nodes)
Animals and Fungi (Opisthokonta)2678238325738
47.5 %54.6 %
Bilateral animals (Bilateria)954772331498816
18.4 %28.5 %
Chordates (Chordata)945073821412656
15.8 %23.2 %
Vertebrates (Vertebrata)211491295653772816
14.4 %21.9 %
Jawed vertebrates (Gnathostomata)265371559753165624
9.6 %19.7 %
Bony vertebrates (Euteleostomi)395462577667197051
6.5 %13.2 %
Lobe-finned fish (Sarcopterygii)1400612797419790
5.0 %14.5 %
Tetrapods (Tetrapoda)1725315363974916
8.3 %16.1 %
Amniotes (Amniota)312412216035705511
4.2 %10.6 %
Reptiles and birds (Sauria)264902138713433760
5.8 %22.0 %
Lizards & snakes (Lepidosauria)123771216416944
28.2 %35.5 %
Episquamata21068182099231936
12.8 %39.7 %
Toxicofera12127120298711
33.7 %37.9 %
Elapidae33031305771639815
33.5 %50.1 %
Acanthophiinae14070138492210
65.4 %65.4 %
Laterata1403613937990
63.1 %63.1 %
Birds and turtles (Archelosauria)1827617155354767
8.1 %25.7 %
Hidden-necked turtles (Cryptodira)1523814510623105
42.1 %49.2 %
Testudinoidea216931918114511061
29.9 %51.8 %
Terrapins (Emydidae)15962154894730
64.8 %64.8 %
Tortoises (Testudinidae)15340150552850
64.2 %64.2 %
Archosauria115631137858127
6.4 %20.4 %
Birds (Aves)15097130593411697
4.1 %24.7 %
Birds (Neognathae)20566181023322132
2.9 %21.6 %
Fowls (Galloanserae)141821400266114
12.7 %34.5 %
Turkeys (Phasianidae)26435260713640
60.7 %60.7 %
Waterfowl (Anatidae)12682125031790
65.9 %65.9 %
Core landbirds (Telluraves)148961404086770
2.9 %29.1 %
Australaves11716116612530
14.5 %31.9 %
Perching birds (Passeriformes)44420399544244042
4.5 %47.4 %
Passeroidea79427906360
61.1 %61.1 %
Mammals (Mammalia)16141144506351056
7.6 %20.2 %
Marsupials and Placental mammals (Theria)214551838117231351
10.2 %18.2 %
Marsupials (Marsupialia)35514335671581366
44.2 %54.5 %
Diprotodontia30126295865400
71.0 %71.0 %
Placentals (Eutheria)7064145434596619241
2.5 %10.6 %
African mammals (Afrotheria)22496223521440
61.6 %61.6 %
Placental mammals (Boreoeutheria)5577937096498813695
2.5 %9.3 %
Primates and Rodents (Euarchontoglires)471484102612524870
2.6 %12.6 %
Rodents and rabbits (Glires)1529914729137433
5.4 %22.4 %
Rodents (Rodentia)5277751593531653
12.9 %28.9 %
Sciuridae180601762942011
56.4 %57.8 %
Marmotini34010331718390
63.9 %63.9 %
Mice and others (Myomorpha)14540143819465
27.6 %46.7 %
Muroidea38332367611220351
38.4 %49.4 %
Cricetidae356093523627499
43.4 %59.1 %
Hamsters (Cricetinae)15505153601450
63.8 %63.8 %
Old World rodents (Murinae)191891855258453
56.0 %61.1 %
Mice (Mus)1912918614396119
44.2 %57.5 %
Mus590925759614960
66.2 %66.2 %
Guinea pigs and others (Hystricomorpha)46301458504510
58.5 %58.5 %
Rabbits, Hares and Pikas (Lagomorpha)10649105421070
68.2 %68.2 %
Primates (Primates)2118220154356672
7.8 %22.6 %
Wet nose lemurs (Strepsirrhini)15074149708024
32.7 %42.5 %
Lemuriformes31194309102840
58.8 %58.8 %
Dry-nosed primates (Haplorrhini)1278912556128105
11.7 %21.3 %
Simians (Simiiformes)266602311323101237
22.5 %34.6 %
Apes and Old World monkeys (Catarrhini)276582464516201393
16.3 %30.3 %
Apes (Hominoidea)1928418415436433
20.6 %41.0 %
Great apes (Hominidae)1818717884190113
31.1 %49.5 %
Hominines (Homininae)3796737236515216
38.9 %55.2 %
Chimpanzees (Pan)18828186751530
66.7 %66.7 %
Old World monkeys (Cercopithecidae)2266421098732834
16.8 %36.0 %
Old World monkeys (Cercopithecinae)774197443218921095
36.0 %56.9 %
Macaques (Macaca)335603244011200
73.1 %73.1 %
Rhinopithecus17903176033000
71.2 %71.2 %
New World monkeys (Platyrrhini)1933917837937565
27.8 %44.6 %
Cebidae31658313453130
62.5 %62.5 %
Laurasiatherian mammals (Laurasiatheria)885418250214814558
4.3 %17.4 %
Cetaceans and Even-toed ungulates (Artiodactyla)5865357460724469
17.9 %29.4 %
Suina16478162742040
74.0 %74.0 %
Camelidae963495101240
60.5 %60.5 %
Pecora40683378281940915
30.7 %45.1 %
Bovids (Bovidae)2056019731458371
21.6 %39.1 %
Caprinae16774163484260
72.7 %72.7 %
Bovinae20615184179191279
20.1 %48.0 %
Cattle (Bos)537755201017650
73.5 %73.5 %
Whales & dolphins (Cetacea)1872217647694381
27.4 %42.5 %
Tooth whales (Odontoceti)4969448816572306
34.3 %52.6 %
Monodontidae15983158761070
68.2 %68.2 %
Carnivores (Carnivora)2157020743361466
13.3 %30.4 %
Cat family (Felidae)1701916321459239
36.5 %55.5 %
Panthera32629323622670
62.7 %62.7 %
Caniforms (Caniformia)3832337669399255
23.7 %38.8 %
Bears (Ursidae)1670516257295153
39.1 %59.4 %
Ursus14535142213140
63.4 %63.4 %
Dog, coyote, wolf, fox (Canidae)1864717460799388
44.7 %66.4 %
Gray wolf (Canis lupus)17330167365940
75.8 %75.8 %
Mustelinae15695154112840
70.4 %70.4 %
Insectivores (Eulipotyphla)53685345230
69.6 %69.6 %
Equus183541707312810
77.4 %77.4 %
Bats (Chiroptera)122711204730194
5.5 %41.1 %
Yinpterochiroptera125631255580
68.8 %68.8 %
Xenarthran mammals (Xenarthra)830081921080
65.3 %65.3 %
Frogs & toads (Anura)15321146346870
73.6 %73.6 %
Bony fishes (Actinopterygii)17047150581276713
13.8 %21.4 %
Ray-finned fishes (Neopterygii)16667147471275645
15.1 %22.8 %
Osteoglossocephalai306242185763882379
24.3 %33.4 %
Bonytongues (Osteoglossiformes)194421783416080
81.1 %81.1 %
Teleost fishes (Clupeocephala)410873098153924714
14.2 %26.7 %
Euteleosteomorpha287562544717551554
10.9 %20.5 %
Teleost fishes (Acanthomorphata)19959181335871239
7.1 %22.1 %
Euacanthomorphacea25578203018314446
2.2 %13.8 %
Teleost fishes (Percomorphaceae)182849140852550536492
1.9 %14.2 %
Teleost fishes (Eupercaria)70868676643592845
4.9 %43.4 %
Puffers (Tetraodontidae)14621144871340
69.8 %69.8 %
Perches and others (Perciformes)320123176566181
13.3 %49.6 %
Cottioidei1367213654180
63.9 %63.9 %
Eupercaria incertae sedis1361213586260
55.8 %55.8 %
Teleost fishes (Ovalentaria)40953392816591013
10.1 %25.7 %
Cichlids (Cichlidae)205701964583095
47.7 %53.2 %
Pseudocrenilabrinae482784335231861740
31.5 %48.8 %
Haplochromini636686203116370
61.8 %61.8 %
Silverside fishes (Atherinomorphae)1950718918202387
12.4 %36.0 %
Killifishes and others (Cyprinodontiformes)2028219792295195
24.4 %40.6 %
Cyprinodontoidei4008239114842126
41.1 %47.3 %
Live-bearing aquarium fishes (Poeciliinae)2378322248916619
28.4 %47.6 %
Poecilia39253384917620
65.6 %65.6 %
Xiphophorus16627163362910
67.7 %67.7 %
Aplocheiloidei1470714655520
72.1 %72.1 %
Oryzias579745596920050
69.5 %69.5 %
Damselfishes (Pomacentridae)394163882852761
51.7 %57.7 %
Amphiprion20264196336310
76.9 %76.9 %
Anabantaria13418133841618
27.0 %57.3 %
Anabantoidei1129411196980
68.9 %68.9 %
Carangaria319893157189329
9.2 %43.1 %
Seriola20267197814860
72.2 %72.2 %
Pleuronectoidei47504736140
57.1 %57.1 %
Protacanthopterygii2275421481121558
47.4 %49.6 %
Trouts, salmons & chars (Salmoninae)10192378134215402249
62.7 %69.2 %
Oncorhynchus709556789230630
71.5 %71.5 %
Salmo345313253719940
77.6 %77.6 %
Otomorpha2171520974344397
16.4 %35.3 %
Herrings and anchovies (Clupeiformes)15882157651170
62.8 %62.8 %
Teleost fishes (Otophysi)2200621466404136
33.5 %44.7 %
Cyprinoidei2159320293128416
68.1 %68.9 %
Cyprininae5219234981172110
89.1 %89.1 %
Characiphysae3824837611491146
40.1 %52.0 %
Characoidei19926195323940
69.9 %69.9 %
Jawless vertebrates (Cyclostomata)624154318100
65.4 %65.4 %
Ciona sea squirts (Ciona)8797738114160
77.2 %77.2 %
Arthropods and nematodes (Ecdysozoa)37383660780
66.0 %66.0 %